Valsts kontrole aicina samazināt izdevumus, kas saistīti ar ES fondu administrēšanu un kontroli, radītu sistēmu, kur izdevumus attaisnojošo dokumentu pārbaudes tiktu veiktas iespējami efektīvāk. Joprojām, veicot maksājumu pieprasījumu pārbaudes, iestādes izdevumu attaisnojošos dokumentus pārbauda pilnā apmērā, nevis izlases veidā. Tādējādi Finanšu ministrija nav nodrošinājusi pietiekami efektīvu un ekonomisku 2,7 milj.Ls izlietošanu.

Revīzijā Valsts kontrole secinājusi, ka ES fondu apguves uzraudzības sistēma nerada pārliecību par sistēmisku pieeju ES finansējuma izlietošanas kontrolē un analīzē. Pašlaik ES fondu vadība tiek vērsta uz naudas līdzekļu ātrāku apguvi, nevis efektīvāku un pamatotāku pasākumu īstenošanu, ko pierādot Valsts kontroles konstatētie trūkumi ES fondu finansējuma plānošanā un pārdalē starp aktivitātēm.

Finanšu ministrija nenodrošina kvalitatīvu ES fondu vadību makroekonomiskās stabilitātes sasniegšanai, jo netiek īstenota atbilstoša ES fondu ieguldījumu ietekmes novērtēšana. Lai ar ES fondu aktivitātēm panāktu ekonomiskās situācijas stabilizāciju un tautsaimniecības ilgtspējīgu attīstību, ir jāpilnveido ES fondu vadības sistēma, ieviešot novērtējamus rādītājus, veicot rezultātu mērīšanu un uzraugot noteikto mērķu sasniegšanu.

ES fondu vadošās iestādes struktūra ir sadrumstalota, mazas nodaļas veic līdzīgas funkcijas, un ir saglabāta vadītāju un darbinieku proporcija 2009.gada līmenī – viens vadītājs uz 1,8 darbiniekiem.